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明治3年（1870年）、理学校は明治2年10月24日（1869年11月27日）に開設された洋学校と合併、開成所となる。慶応4年（1868年）に明治政府は「理化学校」を舎密局（せいみきょく、後の理学校）として大阪に開設することを決定、明治2年（1869年）に開校した。京都大学の起源は文久元年8月16日（1861年9月20日）に長崎に設立された長崎養生所（その後、長崎精得館へ改称）まで遡る。国内の旧帝国大学7校の一つであり、文部科学省が実施しているスーパーグローバル大学事業のトップ型指定校ならびに指定国立大学法人に指定されている。