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だが、剣崎からゼーレの人類補完計画もまた到底自身の理想に適うものではないことを知らされ過ちに気付き、NERV本部へ侵攻するエヴァ四号機の制圧に尽力した。 この際、致命傷を負い動けなくなった特別な好意を抱いている男性を最期まで看取らず、彼と自分の理想を叶えるため、なすべきことをなすためにその場に置き去りにして別れるという行動をとり、科学者として強い信念を持つのはもちろんのこと、人間としても女性としても強靭な意志の持ち主であることを示した。第3使徒サキエルとの戦いで崩れた瓦礫の下敷きになって瀕死の重傷を負ったが、人工進化研究所において使徒の一部を移植され、わずか一週間で奇跡的な回復を遂げ任務に復帰する。